AI FOR SCIENCE · 五分钟简介

让机器参与决定:
设计哪一个分子,
以及为什么是它

黎育权 副教授(特聘教授)· 硕士生导师

贵州省大数据实验室 · 贵州大学计算机科学与技术学院

Nature Machine Intelligence 共同第一作者 · 四项主持或负责在研 · The Innovation、iMeta、Exploration 青年编委

伊马替尼
伊马替尼 · 可拖动旋转 · RDKit ETKDGv3 构象
靶标 分子 合成 测试 学习
yuquan.li · 20261

背景 · 从哪里来

计算机出身,化学落地

计算机化学信息学 × AIAI for Science 2015–2019 · 青海大学计算机科学与技术 · 本科 2019–2024 · 兰州大学化学信息学 · 硕博连读 2020–2023 · 产业与研究院腾讯量子实验室 联合培养北京智源人工智能研究院 研究实习 2024.10 起 · 贵州大学贵州省大数据实验室计算机科学与技术学院
Source: 个人主页 yuquan.li 教育与经历(2026-09)2

问题 · 思路

能设计的分子近乎无限,能验证的极少——所以让循环自己转

1问题:验证机会稀缺

1060
类药分子空间估计
≫
极小一部分
每一轮真正送去做实验的
类药化学空间 生成与筛选 打分排序 一轮湿实验
所以

2思路:设计—合成—测试—学习闭环

设计 合成 测试 学习

机器

生成、打分、数据回流

研究者

提问、取舍、定送测批次

Source: Bohacek et al., Med Res Rev 1996, 16:3–50(~10⁶⁰ 估计);闭环为概念示意(DMTA)3

代表工作 · 自适应图学习(GLAM)

建模里靠人拍板的那几步,交给流程自动完成

GLAM表内最好的对照RMSE,越低越好 · 纵轴自 0 起AUC,越高越好 · 纵轴自 0.5 起0.5920.704ESOL1.3191.371FreeSolv0.5960.724Lipophilicity0.8880.868BACE0.9320.911BBBP0.6590.654SIDER0.8410.813Tox210.7440.726ToxCast 自绘 · 数据:原文 Table 2

人工流程架构、超参等靠人定,
效果差就返工

GLAM 流程采样配置、筛选、融合,
中间各步不用人定

0.761 0.694 GLAM表内最好的对照 ALDH1 数据集 AUC,越高越好 纵轴自 0.5 起 原文 Table 1

Table 1 五个、Table 2 八个数据集上均为表内最好,
且未做人工调参

同一框架:分子间相互作用与分子性质两类任务

Source: 数据来自 Li, Hsieh et al., Nat Mach Intell 2022, Table 1、Table 2(均值,自绘柱图;本人共同第一作者)4

已有基础

参与开发的平台、在研项目与团队:能直接接着做

01参与开发的平台

CODD-Pred · 活性预测
CODD-Pred 活性预测输入面板截图

已上线:输入分子、选靶点,在线返回活性预测

02在研项目

2024202620282030 多约束小分子生成方法贵州大学 · 主持 国家数据局 高质量数据集课题(先行先试)课题负责人 RNA 干扰靶基因与 dsRNA 设计国家自然科学基金(地区)· 主持 公共数据能力可信供给与协同流通贵州省实验室重大科研项目 · 课题三负责人 2026.09

03团队

12人在读联培博士7 人联培硕士3 人名下硕士2 人

12 位同学在读,另 1 位已毕业

Source: CODD-Pred:Yin et al., J Chem Inf Model 2023(本人第 3 作者);在研项目见主页;主页团队名单(2026-09-25)5

合作

如果手上有问题,大概能这样一起做

带着这些来第一轮能拿到 一批活性数据 建模与活性悬崖分析 一个靶点 多约束候选与可合成性评估 一份组学数据 带证据链的候选关键基因 第一步:先拿一个边界清楚的小问题试一轮
看到效果再定方式 联合申报得到 申报书里的 AI 方法与数据工程部分基础 主持国自然项目,负责国家数据局与省实验室课题 共同发表得到 建模、计算与撰稿支撑,署名按贡献基础 2025.9 起署名期刊论文 14 篇 数据与平台共建得到 数据集、知识图谱、专用模型与在线平台基础 两项数据课题在研,参与开发 CODD-Pred 工程化落地得到 平台开发、部署与长期运维,可对接合作工程团队
Source: Crossref(取数 2026-09-25)6

致谢

谢谢,欢迎联系

资金

国家自然科学基金委员会国家数据局贵州省科学技术厅贵州省大数据局贵州大学

导师与合作

姚小军教授(澳门理工大学)郝格非教授(贵州大学)

团队

课题组全体同学与联合培养合作导师

平台

贵州省大数据实验室中斯茶叶绿色防控一带一路国际联合实验室

yuquan.li

yvquan.li@gzu.edu.cn · 微信 yvquanli

黎育权 · 贵州省大数据实验室 · 贵州大学7
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